Інститут було засновано постановою Ради Народних Комісарів УРСР від 5 травня 1940 року № 596 як філіал Київського інституту переливання крові та невідкладної хірургії. У воєнні роки (1941-1945), інститут працював як станція переливання крові.
Фактично, діяльність інституту розпочалась після війни, за поновленим розпорядженням Ради Народних Комісарів від 31 липня 1944 р. № 786. За інститутом було закріплено приміщення, устаткування та інше майно, виділено фінансування. У 1946 році інститут вже володів певною базою для розгортання науково-дослідної і практичної роботи, що дозволило йому стати науковим і методичним центром в галузі переливання крові і невідкладної хірургії в західних областях України.
У 1964 році інститут перейменовано на Львівський науково-дослідний інститут гематології та переливання крові. З 1989 року інститут існував як філіал Київського НДІ гематології та переливання крові, з врахуванням єдності завдань цих двох наукових установ. У 1998 році інститут набув статус самостійної науково-дослідної установи і був перейменований у Львівський науково-дослідний інститут патології крові та трансфузійної медицини МОЗ України.
За Постановою Кабінету Міністрів України від 7 серпня 2000 року № 1232 переданий до складу Академії медичних наук України як "Інститут патології крові та трансфузійної медицини АМН України", з 5 березня 2007 року його назву змінено на "Державна Установа "Інститут патології крові та трансфузійної медицини АМН України"(ДУ ІПКТМ АМНУ).
Першим директором інституту був кандидат медичних наук Й.М. Сіомаш. З 1946 р. до 1950 р. інститут очолював кандидат медичних наук, доцент С.С. Лаврик. З 1950 по 1968 роки директором був кандидат медичних наук, доцент Д.Г. Петров. З 1968 по 1995 роки інститут очолював доктор медичних наук, професор Б.В. Качоровський.
Від 1995 року і до теперішнього часу директором інституту є заслужений діяч науки і техніки України, доктор медичних наук, професор В.Л. Новак.
В інституті у різний час працювали такі відомі вчені, доктори наук як Д.Л. Ротенберг, М.П. Нікотін, Е.О. Сакфельд, С.С. Лаврик, А.Г. Караванов, І.І. Федоров, С.М. Мартинов, Б.Ф. Сухомлінов, О.П. Кучук, М.А. Шеремета, В.А. Орлик, М.І. Громнацький, Б.М. Туркевич, Є.О. Ткач, О.Б. Савчик, Б.Т. Білинський, В.А. Монастирський, Б.В. Качоровський, М.Р. Копистянський, Р.М. Гланц, М.В. Миндюк, Є.І.Дзісь.
В даний час наукові підрозділи очолюють доктори наук - В.Л. Новак, В.Є. Логінський, З.В. Масляк, працюють на наукових посадах - Я.І. Виговська, Р.П. Дзісь.
В інституті виникло декілька наукових шкіл і колективів світового рівня, які працювали і працюють в наступних напрямках:
- гематологічна школа – заснована доктором медичних наук, професором С.М. Мартиновим (працював у інституті 1958-1963р.р.) та доктором медичних наук, професором Я.І. Виговською, зараз її очолюють д.мед.н., проф. Я.І. Виговська та доктор медичних наук З.В. Масляк. Розробляються епідеміологія лейкемій і лімфом, питання патогенезу злоякісних хвороб системи крові, сучасні методи діагностики, прогнозування перебігу та лікувальної тактики при захворюваннях системи крові;
- школа з виробничої та клінічної трансфузіології – заснована доктором медичних наук, професором Б.В. Качоровським, старшим науковим співробітником, кандидатом медичних наук Р.А. Криворучко, доктором медичних наук М.В. Миндюком. Зараз в інституті в цьому напрямку працюють старший науковий співробітник , кандидат медичних наук Б.О. Кондрацький, доктор медичних наук Р.П. Дзісь, доцент, доктор медичних наук В.В.Орлик, старший науковий співробітник, кандидат біологічних наук М.Й. Винарчик. Роботи присвячені розробці гемоконсервантів та методів консервування еритроцитної маси при помірно-низьких температурах (-20-40°С), створенню нових комплексних трансфузійних та інфузійних препаратів, комплексної схеми отримання препаратів плазми крові. В ділянці клінічної трансфузіології (трансфузійної медицини) вивчаються покази і протипокази, клінічна ефективність застосування інфузійно–трансфузійних препаратів, зокрема розроблених у інституті, при різних хворобах;
- школа парентерального харчування – заснована доктором медичних наук, професором Б.В. Качоровським і докторами медичних наук, професорами Р.М. Гланцем та В.Л.Новаком, працює доктор медичних наук Р.П. Дзісь. Створено олійні емульсії для внутрішньовенного введення і ентерально–зондового харчування, опрацьовано покази і протипокази для їх застосування, вплив на обмін речовин;
- школа з еферентних методів очищення крові та детоксикації – заснована доктором медичних наук, професором Новаком В.Л.. Розробляються апаратура, технологія і методи екстракорпорального очищення крові при різноманітних хворобах, апробується метод фотоферезу при лімфоїдних пухлинах;
- імунологічна школа – заснована доктором медичних наук, професором В.Є.Логінським. Роботи присвячені застосуванню імунологічних і імуноцитологічних методів у гематології для діагностики лейкемій і лімфом та вторинних імунодефіцитних станів, патогенезу автоімунних гемоцитопеній;
- гемостазіологічна школа (дослідження зсідання крові) – розвивається у декількох напрямках: теоретичні основи гемостазіології закладено працями докторів медичних наук, професорів С.М.Мартинова та В.А.Монастирського; клінічні аспекти зсідання крові вирішувалися доктором медичних наук, професором Я.І. Виговською, яка надалі працює у цій проблемі, О.П.Кучуком, М.І.Громнацьким; питання гемофілії та інших спадкових коагулопатій - старшим науковим співробітником, кандидатом медичних наук В.П.Руденком, кандидатом медичних наук О.В.Стасишин; методи отримання високоочищених факторів зсідання крові, їх інгібіторів, створення наборів реагентів для коагулологічних досліджень розробляли доктор хімічних наук А.В.Гайда, старший науковий співробітник, кандидат біологічних наук Ю.В.Магеровський, зараз цей напрям продовжує кандидат біологічних наук Т.В.Даниш;
- школа з хірургічної гематології – заснована доктором медичних наук Р.М. Копистянським, доктором медичних наук, професором Б.В. Качоровським, зараз працює старший науковий співробітник, доктор медичних наук І.Й. Євстахевич. Розробляються покази і протипокази до хірургічних втручань, зокрема спленектомії, у гематологічних хворих, органозберігальні операції на селезінці, імунологічні наслідки спленектомії, хірургічна допомога і корекційні ортопедичні операції у хворих на гемофілію.
